Hi ha casos en els quals les crisis s’originen en una part de cervell que es pot tractar amb cirurgia en lloc de fàrmacs. Quan els medicaments no aconsegueixen controlar amb totalitat les crisis i, si s’han provat diferents antiepilèptics sense resultat, és possible que el metge es plantegi efectuar una operació. La cirurgia també és una opció recorreguda per eliminar la causa de les crisis, per exemple, un tumor cerebral. Avui dia, són molt pocs pacients els que poden beneficiar-se d’aquest tractament alternatiu.
